ATOM 설치

Contents

1. xmlf90와 libGridXC 설치
2. ATOM 설치

1. xmlf90와 libGridXC 설치

ATOM 프로그램은 밀도범함수론 코드 SIESTA, abinit, 또는 Quantum Esspresso에 활용할 수 있는 다양한 형식(psf,vps, psml)의 원자 슈도포텐셜(pseudopential) 파일 만들 수 있다. 그 외에도 ATOM을 통해 온-전자(all-electron) 계산, 슈도포텐셜 테스트 등 다양한 계산을 수행할 수 있다.

ATOM를 설치하기 앞서 다음과 같은 패키지를 준비해야한다.

xmlf90: https://launchpad.net/xmlf90/+download (1.5.0. 버전)

libGridXC: https://launchpad.net/libgridxc/+download (0.8.5 버전)

리눅스 환경에 다운로드한 후 압축을 풀어주는 명령어는 다음과 같다.

$ wget https://launchpad.net/xmlf90/trunk/1.5/+download/xmlf90-1.5.0.tgz // 1.5.0버전
$ wget https://launchpad.net/libgridxc/trunk/0.8/+download/libgridxc-0.8.5.tgz // 0.8.5버전
$ tar -xvzf xmlf90-1.5.0.tgz
$ tar -xvzf libgridxc-0.8.5.tgz

tar 명령어를 사용할 때에 not in gzip format 에러가 일어나는 경우 아래 명령어를 통해 file이 tgz형식인지 확인한다.

$ file (FileName)

압축을 풀어준 위치에서 다음과 같은 과정을 통해 컴파일을 진행한다.

xmlf90 설치:

$ cd xmlf90-1.5.0
$ mkdir Gfortran
$ cd Sys
$ cp gfortran.make ../Gfortran/fortran.mk

gfortran.make 파일이 없는 경우 홈페이지에서 다른 버전의 xmlf90을 다운받는다.

라이브러리를 생성하기 전에 fortran.mk을 (intel의 경우) 다음과 같이 수정해준다.

LDFLAGS=-mkl=cluster
AR=/usr/bin/ar

이후 make명령어로 라이브러리를 빌드해준다.

$ cd ../Gfortran
$ sh ../config.sh
$ make

-> xmlf90.mk 생성확인

libgridxc 설치:

(설치한 위치로 돌아와서)
$ cd libgridxc-0.8.5
$ mkdir Gfortran
$ cd Gfortran
$ cp ../extra/fortran.mk .
$ sh ../src/config.sh
$ make clean
$ make

마찬가지로 make를 하기 전 fortran.mk을 다음과 같이 수정해준다.

LDFLAGS=-mkl=cluster
AR=/usr/bin/ar

-> gridxc.mk 생성확인

2. ATOM 설치

ATOM를 위한 라이브러리가 준비되었으니 이제 ATOM을 설치한다.
ATOM: https://siesta-project.org/SIESTA_MATERIAL/Pseudos/Code/downloads.html (4.2.7 버전)

$ wget https://siesta-project.org/SIESTA_MATERIAL/Pseudos/Code/atom-4.2.7-100.tgz // 4.2.7버전
$ tar xvzf atom-4.2.7-100.tgz

ATOM도 마찬가지로 컴파일을 해야 한다. 압축을 풀어준 위치에서 컴파일을 진행한다.

ATOM 설치:

$ cd atom-4.2.7-100
$ cp arch.make.sample arch.make
$ vi arch.make

arch.make 파일이 열리면 아래 부분에 ROOT를 수정한다. path는 '/' root 부터 절대 경로를 쓰고, 리눅스 명령어 $ pwd 로 절대경로를 확인할 수 있다.

XMLF90_ROOT= <설치한 xmlf90 위치>/xmlf90-1.5.0/Gfortran
GRIDXC_ROOT= <설치한 libgridxc 위치>/libgridxc-0.8.5/Gfortran
include $(XMLF90_ROOT)/xmlf90.mk
include $(GRIDXC_ROOT)/gridxc.mk
$ make

ATOM 프로그램이 준비되었다.